Koufonissi è costituita da tre isole, Kato, più bassa, Pano più alta e la rocciosa Keros, che appartengono all'arcipelago delle Piccole Cicladi orientali, costituito da sei isole e diversi isolotti. Geograficamente Koufonissi si trova a sud-est di Naxos e ad ovest di Amorgos. Pano Koufonissi, con i suoi 700 abitanti, è l'isola più popolata ed è grande solo 4 kmq. E' caratterizzata da un territorio dalla bellezza selvaggia, brullo e disadorno, dalle spiagge stupende e dal mare cristallino. Scoperta dal turismo soprattutto italiano, una delle spiagge non a caso si chiama Italica, è una delle poche isole greche rimasta ancor oggi incontaminata. Kato Koufonissi è l'isola gemella, separata dalla prima solo da un istmo largo poco più di 200 metri. E' disabitata e si può raggiungere con i caicchi che partono dal porto di Chora, villaggio principale di Pano. Koufonissi comprende anche la minuscola e disabitata isola di Keros, che è un sito archeologicamente protetto in quanto in passato è stata una delle culle della civiltà cicladica. Pare sia stata distrutta da un terremoto ed i resti emersi dagli scavi sono tra i più interessanti del periodo.